Software para microbiologia

Além de microscópios e placas de Petri, os computadores são uma ferramenta importante para microbiologistas. Software para a pesquisa microbiologia inclui ferramentas utilizadas por outras disciplinas científicas e de engenharia, bem como aplicações especializadas para o estudo de bactérias e outros micro-organismos. Muitos aplicativos desenvolvidos por agências governamentais, fundações sem fins lucrativos ou pesquisadores acadêmicos estão disponíveis como software livre para baixar e usar como sua experiência ou laboratório requer.

ferramentas de visualização

A imagem física ou mental dos dados brutos coletados podem ajudá-lo a compreender melhor a sua qualidade, significado e implicações. Open source e software de visualização de dados comercial é amplamente disponíveis para pesquisa microbiologia. Criar tabelas e gráficos de seus dados usando LibreOffice Calc, do Microsoft Excel ou o sistema de visualização de dados Mondrian. Cell-O e aplicações RasMol ajudar a criar modelos de 2D e 3D-animadas de moléculas biologicamente significativas tais como proteínas e aminoácidos.

Modelagem matemática

Grandes coleções de dados microbiologia muitas vezes deu informações mais significativas, uma vez que foram numericamente analisados. pacotes de software MATLAB, oitava e SciPy que realizam matemática refinamento, análise e modelagem dos dados dos cientistas. Use esses pacotes fazer parâmetro estimar através de ajuste de curva, as previsões epidemiológicas, simulações de crescimento bacteriano e ruído de dados ou eliminação efeito estocástico. Estes aplicativos também executar cálculos estatísticos, como a análise de variância ou testes qui-quadrado.

genoma Bioinformatics

aplicações de software Microbiologia também ajudar a visualizar e meu informações da seqüência de ácidos nucléicos que compõem o DNA de um micro-organismo. A Bioinformática Fundação Open oferece open-source de sequenciamento de DNA e análise de aplicativos gratuitos, como BioJava e biopython que extraem dados de bancos de informação do genoma, analisar código do DNA de um organismo e compará-lo com outras amostras de DNA. Pacotes adicionais de análise de genoma incluem Relevo, HMMER, Clustal Omega, Filogenia Inference Package, ou PHYLIP ea Sequência de Manipulação Suite ou SMS.

Software de referência

O ritmo acelerado da descoberta científica na microbiologia e mudanças nas regulamentações governamentais torna essencial que os microbiologistas ter acesso imediato às informações que os impactos seu trabalho. HUGO é um pacote de software comercial que fornece microbiologistas com informações atuais sobre as ferramentas, produtos químicos, equipamentos, meios de cultura, requisitos de segurança, novos organismos, mudanças taxonômicas e antibióticos. Além disso, microbiologistas que trabalham em ciência dos alimentos pode usar o aplicativo Web Browser COMBASE para acessar os dados microbiológicos relacionados com os alimentos fornecidos por agências governamentais no Reino Unido, Austrália e Estados Unidos.

Referências

• ligação RasMol: RasMol e OpenRasMol
• ligação Biopython: biopython Tutorial e Cookbook
• ligação Hardy Diagnostics: O que é HUGO?
• ligação COMBASE: COMBASE em um Nutshell

Sobre o autor

Allen Bethea tem escrito artigos sobre programação, web design, sistemas operacionais e hardware de computador desde 2002. Ele é bacharel em Ciência da UNC-Chapel Hill e AAS graus em tecnologia de escritório, engenharia mecânica / elaboração e tecnologia de internet. Allen tem uma vasta experiência com o desktop e software de sistema para os sistemas operacionais Windows e Linux.